Theresienstadt, die Ende des 18. Jahrhunderts von Kaiser Josef II. gegründete Garnisonsstadt, war während der Zeit des Nationalsozialismus Gefängnis und Ghetto. Nordwestlich von Prag gelegen, diente die kleine Festung als Gestapogefängnis, während in der großen Festung ein Ghetto für 140.000 Jüdinnen und Juden eingerichtet wurde, die meist aus Böhmen und Mähren, aber auch aus dem »Deutschen Reich«, Österreich, den Niederlanden und Dänemark stammten. Das Ghetto unterstand der Zentralstelle für jüdische Auswanderung in Prag und diese wiederum dem Reichssicherheitshauptamt (RSHA). Bewacht von tschechischen Gendarmen, wurde das Ghetto von der SS verwaltet und von den Österreichern Siegfried Seidl (November 1941–Juli 1943), Anton Burger (Juli 1943–Februar 1944) und Karl Rahm (Februar 1944–Mai 1945) geleitet.

Die Menschen im Ghetto lebten in der ständigen Angst vor der Deportation in eines der Vernichtungszentren Treblinka, Auschwitz und Maly Trostinec. Gleichzeitig waren die Lebens- und Arbeitsbedingungen denkbar schlecht. Auch in Theresienstadt gab es einen von der SS eingesetzten Ältestenrat mit den einander folgenden Vorsitzenden Jakob Edelstein, Paul Eppstein und Benjamin Murmelstein. Sie wurden gezwungen, die Listen für die Deportationen zusammenzustellen, die Verteilung von Nahrung, Kleidung und Arbeit vorzunehmen und die Ordnung aufrechtzuerhalten.

Dank der großen Anzahl von Künstlern, Schriftsteller und Wissenschafter unter den Häftlingen gab es ein umfassendes kulturelles Leben im Ghetto, das von der SS geduldet und instrumentalisiert wurde. Als Ende 1943 die ersten Tatsachen über die Vernichtungsstätten weltweit bekannt wurden, beschloss die nationalsozialistische Führung, dem Internationalen Komitee vom Roten Kreuz (IKRK) einen Besuch in Theresienstadt zu gestatten. In Vorbereitung dieses Ereignisses wurden Tausende Häftlinge nach Auschwitz deportiert, um die Überbelegung des Ghettos zu reduzieren. Der IKRK-Delegation wurde im Juli 1944 die potemkinsche Fassade einer normalen Stadt vorgeführt, mit Scheingeschäften, Kaffeehäusern, Kindergärten, einer Schule und sogar einer Bank. Dieser Besuch änderte nichts an der Realität des Ghettos. Hunger, fehlende sanitäre Einrichtungen, mangelhafte Kleidung forderten zahlreiche Todesopfer. Von den ca. 140.000 Menschen, die nach Theresienstadt deportiert wurden, starben 33.000 im Ort, 88.000 wurden in die Vernichtungsstätten gebracht und dort ermordet. 19.000 waren noch am Leben, als das Ghetto am 7. Mai 1945 von der Sowjetarmee befreit wurde.

Für den größten Teil der Menschen, die in das Ghetto Theresienstadt deportiert wurden, war das Ghetto, so sie nicht an den furchtbaren Lebensbedingungen zugrunde gingen, nur eine Durchgangsstation auf dem Weg in die Vernichtungslager. Die Deportationen dorthin erfolgten in fünf Etappen:

Von Anfang Januar bis 8. September 1942 gab es 26 Transporte mit rund 26.000 Häftlingen nach Izbica, Lublin, Maly Trostinec, Riga, Zamosc, Piaski, Rejowiec, Warschau, Raasika, Minsk sowie weitere Orte. In elf »Altentransporten« wurden zwischen dem 19. September und dem 22. Oktober 1942 19.004 Menschen, die in der Regel über 65 Jahre alt waren, in das Vernichtungslager Treblinka und nach Maly Trostinec deportiert und dort fast ausnahmslos ermordet. Nur drei überlebten. Zwischen dem 26. Oktober 1942 und dem 1. Februar 1943 wurden in sechs Transporten 8.867 Personen nach Auschwitz deportiert. Dort wurden sie, wie in Auschwitz üblich, einer Selektion unterworfen. Die meisten gingen in die Gaskammern. Von den als »arbeitsfähig« Selektierten erlebten 124 die Befreiung. Vom 6. September 1943 bis zum 18. Mai 1944 wurden in acht Transporten 17.570 Theresienstädter Häftlinge in das so genannte »Familienlager« in Auschwitz-Birkenau gebracht. Sie mussten die Selektion nicht durchlaufen, wurden jedoch, soweit sie nicht im Lager starben oder als »Arbeitsfähige« in andere Konzentrationslager deportiert wurden, in der Nacht vom 8. zum 9. März 1944 oder zwischen dem 10. und 12. Juli 1944 in den Gaskammern ermordet. 1.167 Häftlinge überlebten. In elf Transporten wurden zwischen dem 28. September und dem 28. Oktober 1944 weitere 18.402 Personen nach Auschwitz-Birkenau deportiert, von denen 1.574 überlebten. Neben diesen Großtransporten erfolgten auch kleinere Deportationen, deren Zielorte zum Teil nicht bekannt sind, vier dieser Transporte gingen nach Bergen-Belsen. Von den über 15.000 Österreicher, die von Wien, aber auch von Böhmen und Mähren nach Theresienstadt deportiert wurden, verstarben ca. 6.200 dort, ca. 7.500 wurden in die Vernichtungslager weiterdeportiert.